东莞市轨道交通局于2019年1月9日揭牌成立，是市政府工作部门，为正处级单位。
主要职责是：
（一）研究拟订我市轨道交通行业相关的规范性文件和政策，并组织实施。
（二）负责组织全市轨道交通一体化规划研究；负责编制城市轨道交通建设规划和工程可行性研究；参与编制地方铁路建设规划及年度计划；参与编制城市轨道交通线网规划。
（三）负责拟订轨道专项资金支出计划、轨道专项资金年度筹集计划，组织编制轨道交通线路建设投融资方案、轨道交通线路建设和综合开发资金平衡方案。
（四）负责统筹协调城市轨道交通和相关配套工程的工可编制、工程招标、建设进度、竣工验收等工作；协调市境内国家铁路、城际铁路的线、站位及其配套设施的规划、设计、建设等工作。
（五）负责境内城际轨道工程安全生产属地行业管理和职业健康监管工作。
（六）负责全市城市轨道交通运营行业管理。
（七）负责组织协调轨道交通安全保护工作。
（八）负责组织编制轨道站点TOD总体策略研究、轨道站点TOD综合开发规划、轨道站点综合体概念方案。
（九）组织拟订轨道站点周边土地核心区、控制区和协调区的范围，统计各区域各等级的宗地情况。
（十）组织拟订轨道站点周边土地收储、出让、开发工作计划，组织拟订整体连片开发的轨道站点周边土地收储补偿方案及土地前期开发计划。
（十一）负责对涉及轨道交通及TOD范围内的其他建设项目提出意见。
（十二）负责轨道站点对接接口、资源物业等开发管理工作。
（十三）完成市委、市政府和上级部门交办的其他任务。