参照国家卫生健康委和广东省卫生健康委工作职能，市卫生健康局的主要职能是： 
(一)拟订卫生健康以及促进中医药事业发展的政策、规划,制定并实施有关标准和技术规范。统筹规划卫生健康资源配置,指导区域卫生健康规划的编制和实施。负责全市卫生健康系统安全生产相关工作。制定并组织实施推进卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化和公共资源向基层延伸等政策措施。
(二)协调推进深化医药卫生体制改革，研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议。组织深化公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度，制定并组织实施推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，提出医疗服务和药品价格政策的建议。
(三)拟订重大疾病防治规划、严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施，组织实施免疫规划，完善疾病预防控制体系。在省级卫生健康行政管理部门授权下发布传染病疫情信息。开展食品安全风险监测、评估和交流。负责卫生应急工作，组织指导突发公共卫生事件的预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援。
(四)组织拟订并协调落实应对人口老龄化政策措施，负责推进老年健康服务体系建设和医养结合工作。
(五)组织制定药物政策，落实国家基本药物制度，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警，提出基本药物价格政策的建议。联合相关部门组织开展食品安全风险监测评估。 
(六)承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善综合监督体系，指导规范执法行为。组织开展爱国卫生运动。
(七)负责医疗机构、医疗服务行业管理办法的监督实施，建立医疗服务评价和监督管理体系。会同有关部门实施卫生健康专业技术人员资格标准。制定并组织实施医疗服务规范、标准和卫生健康专业技术人员执业规则、服务规范。
(八)拟订妇幼卫生健康政策、标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设。指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。承担人口监测预警并提出人口与家庭发展相关政策建议。完善生育政策并组织实施，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度。承担计划生育管理和服务工作，推进托育服务体系建设。
(九)承担职业病防治规划、业务指导、宣传教育、综合监管督查等工作。拟订职业卫生、放射卫生相关政策、标准并组织实施，组织开展职业卫生、放射卫生监督检查。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。
(十)指导园区、镇（街道）卫生健康工作，指导基层医疗卫生、妇幼健康服务体系和全科医生队伍建设。推进卫生健康科技创新发展。
(十一)负责保健对象的医疗保健工作，负责重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
(十二)研究拟订全市卫生健康人才发展政策并组织实施，推动高素质专业化卫生健康人才队伍建设。
(十三)贯彻执行中医药事业发展的方针政策，推动中医药强市建设。
(十四)完成市委、市政府和省卫生健康委、省中医药局交办的其他任务。