东莞海关于1988年7月1日正式开关，受黄埔海关直接领导，按授权负责东莞地区的企业认证、邮件监管、统计分析以及加工贸易备案、结转、核销；辖区进出境货运监管、加工贸易及保税监管、跨境电商监管、快件监管、企业核查及出入境动植物检疫、卫生检疫、商品检验、进出口食品安全等。